Лаборатория создана в структуре АО ИО РАН 1 июля 2015 г. Коллектив сформировался при исполнении проекта Российского Научного Фонда № 15-17-10020, посвящённого исследованию физических и динамических свойств частиц морского микропластика. Основными направлениями исследования в настоящее время являются формирование термохалинной структуры Балтийского моря, роль промежуточных слоёв в его термохалинном конвейере, процессы взаимодействия шельфа с глубоким морем, а также океанографические основы переноса и распределения морского мусора и частиц микропластика.

Лаборатория образовалась в 1962 г., когда в Калининград приехали молодые геологи Инна Павловна Свиренко, Анатолий Васильевич Солдатов и Борис Александрович Кошелев. В апреле 1963 г. зту группу возглавил Емельян Михайлович Емельянов. В 1967 г. группа преобразована в лабораторию геологии Атлантики под руководством Е.М. Емельянова.

В 2021-2023 гг. лаборатория работает по общей для АО ИО РАН теме госзадания № 0128-2021-0012 "Морские природные системы Балтийского моря и Атлантического океана: формирование природных комплексов Балтийского моря и их изменение под влиянием Атлантического океана и антропогенного воздействия", руководитель темы – к.г.-м.н. Сивков В.В.).

В 2021-2023 гг. лаборатория работает по общей для АО ИО РАН темам госзадания № 0128-2021-0012 "Морские природные системы Балтийского моря и Атлантического океана: формирование природных комплексов Балтийского моря и их изменение под влиянием Атлантического океана и антропогенного воздействия" (руководитель темы – к.г.-м.н. Сивков В.В.) и №0128-2021-0007 "Морские и океанские экосистемы в условиях меняющегося климата и антропогенного воздействия: структура и биологическая продуктивность экосистемы Арктического бассейна и морей России, экосистемы и потенциальные биологические ресурсы открытого океана" (руководитель темы д.б.н. Флинт М.В.).