Комплексные и специализированные океанологические исследования ведутся в 6 научных лабораториях при поддержке научно-вспомогательных подразделений. В отделении имеется отдел технического обслуживания глубоководных обитаемых аппаратов. В научных подразделениях Атлантического отделения на постоянной основе работает 53 научных сотрудника (из них 5 докторов и 27 кандидатов наук), включая инженеров-исследователей.
АО ИО РАН возглавляет директор Института океанологии по Атлантическому отделению к.г-м.н. В.В. Сивков, заместитель директора по научной работе - к.г.-м.н. Л.Д. Баширова, заместитель директора по общим вопросам - О.Е. Коробова, ученый секретарь к.б.н. М.Ф. Маркиянова.
Структура АО ИОРАН включает шесть научных подразделений:
- Лаборатория прибрежных систем (зав. лаб. - к.ф-м.н. Б.В. Чубаренко)
- Лаборатория физики моря (зав. лаб. - д.ф.-м.н. И.П. Чубаренко)
- Лаборатория геологии Атлантики (зав. лаб. - к.г.-м.н. Л.Д. Баширова)
- Лаборатория геоэкологии (зав. лаб. - к.б.н. С.В. Александров)
- Лаборатория морской экологии (зав. лаб. - к.б.н. Е.Е. Ежова)
- Лаборатория прикладной океанологии (зав. лаб. - к.г.н. А.В. Крек)
а также:
- Бухгалтерия (гл. бухг. - С.В. Таланова)
- Планово-экономическая группа (нач. ПЭО - Л.В. Громцева)
- Отдел кадров (нач. отд. - Г.М. Фартышева)
- Контрактная служба (рук. - Е.А. Оводенко)
- Главный юрисконсульт (Т.В. Зенкина)
- Отдел информационных технологий (нач. отд. - О.А. Бережинский)
- Хозяйственный отдел (нач. отд. - В.А. Наймушин)
- Экспедиционно-транспортный отдел (нач. отд. - А.Ю.Шаламов)
- Библиотека
