• Лаборатория прибрежных систем (зав. лаб. - к.ф-м.н. Б.В. Чубаренко)
• Лаборатория физики моря (зав. лаб. - д.ф.-м.н. И. П. Чубаренко)
• Лаборатория геологии Атлантики (зав. лаб. - к.г.-м.н. Л. Д. Баширова)
• Лаборатория геоэкологии (зав. лаб. - к.б.н. С. В. Александров)
• Лаборатория морской экологии (зав. лаб. - к.б.н. Е. Е. Ежова)
• Лаборатория прикладной океанологии (зав. лаб. - к.г.н. А. В. Крек)

а также:

• Бухгалтерия (гл. бухг. - С. В. Таланова)
• Планово-экономический отдел (нач. ПЭО - Л. В. Громцева)
• Отдел кадров (нач. отд. - Г. М. Фартышева)
• Контрактная служба (рук. - Е. А. Приходько)
• Главный юрисконсульт (Т. В. Зенкина)
• Отдел информационных технологий (нач. отд. - О. А. Бережинский)
• Хозяйственный отдел (нач. отд. - В. А. Наймушин)
• Экспедиционно-транспортный отдел (нач. отд. - А. Ю. Шаламов)
• Библиотека

•  Издательство John Wiley & Sons, Inc., также известное как Wiley (Уайли) — международная организация, которая специализируется на выпуске академических изданий. John Wiley & Sons выпускает издания для профессионалов, студентов и преподавателей высшей школы, исследователей, учёных, медиков. Компания John Wiley & Sons издает книги, журналы, энциклопедии в печатном и электронном виде, предоставляет доступ к продуктам и услугам в интернете.

•  Elsevier — один из крупнейших издательских домов мира, который ежегодно выпускает около четверти всех статей из издаваемых в мире научных журналов. Основан в 1880 году в Амстердаме (Нидерланды). Своим названием обязан старинному издательскому дому Эльзевиров.
  Рыночная капитализация в 2010 году холдинга Reed Elsevier составляет свыше 18 млрд долларов США. По этому показателю в 2010 году Reed Elsevier занимал 427-е место в списке крупнейших компаний мира по версии рейтинга FT 500[1]. Reed Elsevier представлен также в рейтинге FT 500 в своей отрасли (Media), находясь на седьмой позиции по размерам рыночной капитализации[2].
  Elsevier является ведущим в мире коммерческим издателем научно-технической информации, выпускающим более 2000 научных журналов и представляющим доступ к 10,2 миллионам научных статей на своём электронном интернет-портале ScienceDirect.
  Elsevier обслуживает научными данными около 4500 организаций и университетов из 180 стран мира. Подписчиками продуктов компании ELSEVIER являются научно-исследовательские центры по всему миру (университеты, библиотеки, министерства и ведомства), а также частные корпорации Европы, Америки и Азии.
  Более 30 миллионов учёных, студентов, специалистов всех отраслей получают доступ к информации издательства.
• Научная электронная библиотека elibrary.ru - это крупнейший российский информационный портал в области науки, технологии, медицины и образования, содержащий рефераты и полные тексты более 14 млн научных статей и публикаций. На платформе eLIBRARY.RU доступны электронные версии более 2200 российских научно-технических журналов, в том числе более 1100 журналов в открытом доступе. Научная электронная библиотека (НЭБ) предоставляет услуги по подписке на российские научные журналы, размещенные на портале eLIBRARY.RU. С июля 2012 года Институт океанологии им. П.П. Ширшова РАН имеет подписку на коллекцию из 21 российского журнала в полнотекстовом электронном виде.
• oceanographers.ru - проект созданный для общения ученых-океанологов, студентов, изучающих морские науки  и просто людей, интересующихся морем. Мы обсуждаем программное обеспечение, методы обработки и визуализации климатических и океанологических данных, физическое и математическое моделирование процессов, происходящих  в океане и атмосфере, записываем подкасты, работаем над океанологической википедией.
  Сообщество океанологов – не только агрегатор научных новостей из мира океанологии, климатологии и других наук, изучающих систему океан-атмосфера , но и уникальные переводные материалы, научные статьи, оперативные  карты мирового океана, специализированный форум и многое другое.